El IIDyPCa comprende una serie de Departamentos que conforman la unidad de I+D básica dentro de su estructura. Cada Departamento opera como base de investigación de distintas materias de grado y seminarios de posgrado, no quedando reducidos a tales espacios curriculares. Es lugar de trabajo de docentes-investigadores de la UNRN pero también de investigadores no docentes del CONICET y otras instituciones. Internamente, cada Departamento se conforma con áreas temáticas específicas.
Los actuales Departamentos del IIDyPCa son los de:
1) Diversidad Cultural e Interculturalidad
2) Arqueología y Antropología Histórica
3) Ecología Humana y Evolución